上海交通大学学生创新中心在原工程训练中心的基础上改建而成。工程训练中心成立于1999年，是学校直属教学部门，承担全校本科生的实践教学工作。2013年，工程训练中心通过验收成为国家级实验教学示范中心。

2016年，上海交通大学成功入围首批国家双创示范基地。为加快创新型人才培养，学校借鉴国内外成熟创新平台建设经验，将原工程训练中心改建为学生创新中心（Student Innovation Center），并于2016年3月正式揭牌。

学生创新中心在继续保留并加强原有工程实践教学的基础上，着力打造创新能力训练和创新孵化两个平台，向学生提供专业舒适的实验场地、全面周到的工程服务、丰富多样的科技竞赛和紧贴前沿的企业课程，全力支撑学生创新创业，为学校和国家的创新型人才培养贡献力量。经过近三年的建设，目前各实验室及服务分中心均已对外开放，深受师生欢迎，各项工作成果赢得了校内外的高度认可。

2017年底，学校成功入围全国首批挂牌中美青年创客交流中心单位，学生创新中心成为创新教育国际化交流一大平台。

产教融合、资源整合、探索学生创新教育新模式
中心积极推进产教融合，目前已与华为、Honeywell等在内的80多家行业领先企业开展合作，开设58门校企合作课程，搭建起了传统学科与现代技术互通的桥梁。
2017年，上海交通大学入围国家首批中美青年创客交流中心挂牌单位，连续多年荣获教育部优秀中美青年创客交流中心；与多所国际知名高校开展合作交流，积极推进斯坦福大学biodesign中心建设。